Не путать с выпущенными в 1960-х гг. электровозами ВЛ40.
В конце 1990-х—начале 2000-х годов на Украинских железных дорогах начал обостряться дефицит пассажирских электровозов переменного тока, как из-за списания старых электровозов ВЛ60ПК, так и из-за электрификации новых участков. Участились случаи вождения пассажирских поездов грузовыми электровозами ВЛ80Т и ВЛ80С локомотивных депо Знаменка и Котовск Одесской дороги, Казатин Юго-Западной дороги, зачастую не оборудованными не только системой электрического отопления поезда, но и пассажирским электропневматическим тормозом (ЭПТ). По этой причине было решено модернизировать простаивающие на базе запаса Цветково двухсекционные грузовые электровозы ВЛ80Т в односекционные пассажирские, получившие наименование ВЛ40У.

ВЛ40У производства ЗЭРЗ и ЛЛРЗ, Одесса
Модернизацию производят ЗЭРЗ и ЛЛРЗ. Электровоз получает новый кузов, причём ЗЭРЗ устанавливает кабины машиниста и пульты по типу электровозов ЧС8, а ЛЛРЗ — кабины с более плоской лобовой стенкой (похожей на кабину ВЛ-65). Ходовая часть, силовая схема с главным контроллером ЭКГ‑8Ж и схема цепей низкого напряжения 50 В в целом остались прежними, за исключением того, что убрано реостатное торможение, что повлекло снятие ряда аппаратов — блоков тормозных резисторов с устройствами переключения потока воздуха, тормозных переключателей, выпрямителя возбуждения и др.
Контроллер машиниста, число позиций регулирования и ступеней ослабления возбуждения, указатель позиций остались прежними. За счёт использования более высококлассных диодов число ящиков выпрямительной установки каждой тележки уменьшено с двух до одного. Заново построена схема вспомогательных цепей — фазорасщепитель заменён пусковыми конденсаторами, вспомогательные машины с двигателями АЭ92 заменены на устанавливаемые на электровозах серий Э5К и ЭП1 машины с двигателями НВА‑55: на каждом электровозе установлены два центробежных мотор-вентилятора и два мотор-компрессора ВУ‑3,5.
Электровозы хорошо показали себя на равнинном профиле, например, на участке Киев—Нежин—Чернигов Юго-Западной дороги, где используются даже для вождения грузовых поездов на участке Нежин—Чернигов, но на холмистом профиле Одесской дороги вождение поездов длиной 15–20 вагонов оказалось трудной задачей и вызывает много отрицательных отзывов в адрес ВЛ40У от локомотивных бригад.
В настоящее время электровозы ВЛ40У приписаны к цеху эксплуатации Чернигов и Жмеринка Юго-Западной железной дороги, Котовск Одесской железной дороги и Львов-Запад Львовской железной дороги. Основной парк депо Жмеринка и Львов составляют машины выпуска ЛЛРЗ, депо Котовск и Чернигов в основном имеют машины выпуска ЗЭРЗ. Серии ВЛ40У-1384.1 ВЛ40У-1384.2 ВЛ40У-1488.1 ВЛ40У-1488.2 приписаны к ТЧ-9 Дарница